De nationalité suisse, Marc Baumgartner est né à Berne en 1968. Après avoir obtenu un diplôme de comptable, il change d’orientation et suit une formation de contrôleur aérien Il commence alors une carrière de contrôleur au centre de Genève en 1991. Intéressé par les problèmes de stress, il obtient un diplôme de l’université de Paris V en psychologie et rédigera de nombreux articles sur ces sujets.
Reconnu par ses pairs, il devient en 2002 président de l’IFATCA, l' association internationale des contrôleurs aériens. A partir de 2011 Marc devient membre de deux commissions « performance review », celle de la Commission européenne et celle d’Eurocontrol qu'il a présidé jusqu'en juillet 2021(jusqu' en 2016 commune et ensuite séparé)