Docteur en astrophysique, spécialiste de la modélisation des systèmes planétaires, il est professeur à l'Institut de physique de l'université de Berne dont il est également le directeur. À ce titre, il est également le directeur du pôle de recherche national (PNR) « PlanetS – Origine, évolution et caractérisation des planètes » aux côtés de Stéphane Udry (département d'astronomie de l'université de Genève) qui est le co-directeur du PRN2. En particulier, Wiliy Benz dirige le projet 5 « Formation et évolution » du PRN PlanetS3. De façon plus générale, Willy Benz est connu notamment pour avoir développé, avec son équipe, le modèle de formation planétaire connu sous le nom de « modèle de Berne ».